هشت سال پيش از اين، آريل شارون، داگان را در موساد منصوب و او را مسوول اختلال در پروژه سلاح‌هاي هسته‌اي ايران كه هر دو نفر آن را خطر وجودي براي اسراييل مي‌ديدند، كرد. داگان براي تكميل اين مسووليت چند حركت زد. داگان معتقد بود كه سخت‌ترين راه اما موثرترين آن شناسايي دانشمندان كليدي هسته‌اي و موشكي ايران و كشتن آنها بود.
موساد پانزده نفر از اين افراد را رهگيري كرد كه از بين آنها 6 نفرشان را كه اكثر آنها را در صبح و در مسير رفتن به كارشان بودند، با بمب‌هايي كه توسط موتورسواران به خودروهاي‌شان مي‌چسباندند، حذف كردند. علاوه بر اين مقر يك فرمانده سپاه پاسداران انقلاب اسلامي را كه مسوول پروژه‌هاي موشكي بود همراه با هفده نفر از افرادش منفجر كردند.
اين عمليات و عمليات ديگري كه توسط موساد صورت گرفته بود، برخي از آنها هم با همكاري ايالات متحده بود، تماما موفقيت آميز بود اما نتانياهو و ابهود باراك، وزير دفاعش، احساس كردند كه كارايي آنها رو به نزول است. آنها معتقد بودند كه اقدامات مخفيانه ديگر نمي‌تواند به‌طور موثر پروژه‌هاي هسته‌اي ايران را به تاخير بيندازد و فقط يك بمباران حجيم هوايي عليه تاسيسات هسته‌اي ايران مي‌تواند به‌طور كامل پيشرفت آنها را به سمت دستيابي به چنين سلاح‌هايي متوقف كند.
داگان به‌شدت با اين ايده مخالف بود. او در واقع معتقد بود اين كار همه‌چيز را به هم مي‌ريزد: معتقد بود كه جنگ را فقط بايد زماني شروع كرد كه «شمشير بر حلق شما باشد»، يا اينكه در آخرين مرحله در وضعيتي قرار بگيريد كه در آن هيچ حق انتخاب ديگري نداشته باشيد. هر چيزي غير از اين را مي‌توان و بايد با ابزارهاي مخفيانه انجام داد.
او گفت، «ترور علاوه بر آنكه اثر عملي دارد اثر اخلاقي هم دارد. من فكر نمي‌كنم كه افراد زيادي باشند كه جايگزين ناپلئون، يا روزولت يا چرچيل قرار بگيرند. يقينا جنبه‌هاي شخصي يك نقشي ايفا مي‌كند. درست است كه هر كسي را مي‌توان جايگزين كرد اما بين جايگزين كردن يك فرد زنده با برخي شخصيت‌هاي بي‌روح تفاوتي هست.»
علاوه بر اين از نگاه داگان استفاده از ترور، «بيشتر اخلاقي‌تر است» تا شروع يك جنگ تمام عيار. كافي است چندين چهره شاخص را از كار بيندازيد؛ اين بهتر از آن است كه گزينه غيرضروري آخري (جنگ) را به كار‌گيريد، در اين صورت جان‌هاي بي‌شماري از سربازان و شهروندان هر دو طرف را نجات داده‌ايد. يك حمله وسيع عليه ايران منجر به نبرد وسيع در سراسر خاورميانه خواهد شد و حتي به احتمال خيلي زياد خرابي كافي هم بر تاسيسات ايران نخواهد گذاشت.
از نگاه داگان، در آخر سر اگر اسراييل با ايران جنگي را شروع كند، يك اعلام جرم تمام براي خودش خواهد گرفت. كتاب‌هاي تاريخ نشان خواهد داد كه وظيفه‌اي را كه شارون به او (داگان) محول كرده بود تكميل نكرده است يعني بدون آنكه به يك يورش باز متوسل بشود بتواند مهر پايان بر دستيابي هسته‌اي ايران با استفاده از ابزارهاي پوششي بزند.
مخالفت داگان و فشار مشابه سنگيني كه از روساي اطلاعاتي و نظامي بالا وارد مي‌شد، عقب افتادن‌هاي مكرر حمله به ايران را موجب مي‌شد. حتي داگان، «لئون پانه تا» مدير سيا را نسبت به طرح اسراييل مطلع كرد (نخست‌وزير او را متهم كرد كه بدون اجازه اين كار را كرده است) و باراك اوباما، رييس‌جمهور وقت امريكا، به نتانياهو هشدار داد كه مبادا حمله كند.
تنش بين اين دو مرد همچنان تشديد مي‌شد و حتي در سال 2010، هفت سال پس از انتصاب داگان، به اوج خود رسيد. داگان يك تيم ضربتي 27 نفره موساد را به دوبي فرستاد تا يك مقام ارشد گروه فلسطيني حماس را حذف كنند. آنها كار را انجام دادند: آدمكش‌ها يك داروي فلج‌كننده در اتاق هتلش به او تزريق كردند و قبل از آنكه جسد پيدا شود از منطقه بيرون آمدند.
اما مدت كوتاهي بعد از خروج آنهابا توجه به يك سري از خطاهايي كه كرده بودند مثل: ناديده گرفتن دوربين‌هاي بي‌شمارCCTV دوبي؛ استفاده از همان پاسپورت‌هاي جعلي كه پيش از اين ماموران براي تعقيب هدف براي ورود به دوبي استفاده كرده بودند و تنظيمات تلفن‌هايي كه پليس محلي در رديابي آنها مشكلي نداشت - تمام دنيا به زودي چهره‌ها و تمامي حركات آنها را روي تصاوير ضبط شده ويديويي ديدند. كشف اين موضوع كه اين يك عمليات موساد بود علاوه بر آنكه سبب تخريب عمليات آژانس شد باعث خجالت عميق دولت اسراييل شد كه يك بار ديگر نشان داده شد آنها از پاسپورت‌هاي جعلي كشورهاي غربي دوست براي عاملان‌شان استفاده مي‌كنند.
نتانياهو با غضب با داگان برخورد كرد و به او دستور داد كه تمامي طرح‌هاي ترور و عمليات ديگر را تا اطلاع ثانوي معلق كند.