عوارض جانبي
ثبت درخواست تنها از سوي مراجع زير امكان‌پذير است:
الف) هر يك از احزاب سياسي داراي مجوز فعاليت معتبر
ب) هر يك از انجمن‌هاي مردم‌نهاد داراي مجوز فعاليت معتبر
ج) هر يك از انجمن‌هاي صنفي يا اتحاديه‌هاي داراي مجوز معتبر
اين تبصره‌اي است كه در ذيل ماده واحده پيشنهاد الحاق يك مبحث تحت عنوان «مشاركت مستقيم شهروندان» به قانون آيين‌نامه داخلي مجلس گنجانده شده است. همين شرط مورد انتقاد مركز پژوهش‌ها واقع شده است كه «در متن ماده پيشنهادي، به ارايه درخواست با امضاي مستقيم 500 هزار نفر از شهروندان تصريح شده است، تعيين سه مرجع انحصاري براي ثبت درخواست، چنين هدفي را نقض كرده است. مشاركت شهروندان نمي‌تواند صرفا از طريق احزاب، انجمن‌هاي صنفي يا مردم‌نهاد صورت گيرد. با اين طرح امكان مشاركت شهرونداني كه در نقاط مختلف كشور و در مكان‌هاي دور از هم قراردارند، سلب مي‌گردد.»
در گزارش و بررسي مركز پژوهش‌هاي مجلس همچنين نسبت به عوارض ناخواسته طرح هشدار داده است: «مقوله قانونگذاري امري تخصصي، مهم و حياتي براي هر نظامي تلقي مي‌شود و ساختارها و راهكارهاي اصلاحي بايد به نحوي پيش‌بيني گردند كه به كيفيت تقنيني منجر شود. برقراري شرط 500 هزارتايي از مطالبه‌كنندگان و پيشنهاددهندگان، كيفيت اجراي طرح را تحت‌تاثير قرار خواهد داد، به‌طوري كه پيشنهاددهندگان يا مطالبه‌كنندگان، در عوض تدقيق در محتوا و افزايش كيفيت آن، به دنبال حامي بيشتر جهت به حد نصاب رسيدن باشند يا عده‌اي بدون مطالعه و آگاهي از مفاد پيشنهاد يا مطالبه، صرفا جهت به حد نصاب رسيدن تعداد افراد، در جرگه مشاركت‌كنندگان قرار گيرند. همچنين درنظر گرفتن حد بالاي 500 هزارتايي از مشاركت‌كنندگان كاهش انگيزه آنان را نيز منجر خواهد شد، زيرا ممكن است عده‌اي با تصور عدم اقبال گسترده 500 هزارتايي، انگيزه خود را نسبت به ارايه طرح پيشنهادي از دست بدهند. درواقع اين سازوكار به جاي كمك به كيفي‌سازي قوانين، با ايجاد تنش‌هاي سياسي و اجتماعي، مانع از اعمال نظر دقيق كارشناسان خواهد شد و اساسا آنچه مطلوب نظر ارايه‌كنندگان محترم اين پيشنهاد است را از دسترس دور نگاه مي‌دارد. »