1359 تا 1367
در سال 60 و پس از شهادت شهيد چمران به حكم امام خميني او به عضويت شوراي عالي دفاع در آمد و در تمام سال‌هاي دفاع مقدس نقشي بي‌بديل در عرصه دفاع ايفا كرد. او در اين سال‌ها آنطور كه خودش مي‌گفت روزهاي طاقت فرسايي را سپري كرد. روزهايي كه رياست مجلس از يك سو و فرماندهي جنگ از سوي ديگر تمام وقت و انرژي هاشمي را مي‌گرفت. بحران‌هاي متعدد دوران دفاع مقدس از جمله كمبود تسليحات و نبود منابع مالي و البته رخدادهاي سختي نظير ماجراي مك فارلين از جمله اتفاقاتي بود كه هاشمي تجربه كرد. در ماه‌هاي پاياني جنگ هاشمي به جانشيني فرماندهي كل قوا منصوب شد. او در اتمام جنگ و قبول قطعنامه 598 نيز نقشي بي‌بديل داشت.