موسي معروفي در سال ۱۲۶۸ در تهران زاده شد. پدرش، محمداسماعيل‌خان امين‌الملك، از رجال وابسته به دربار قاجار و برادر ميرزا علي‌اصغرخان اتابك اعظم، صدراعظم ناصرالدين شاه و مظفرالدين‌شاه بود. خانواده امين‌الملك ريشه در گرجستان داشتند و در برخي منابع تاريخي اشاره شده كه اجدادشان از ميان گرجيان و ارامنه‌اي بودند كه در دوره‌هاي پيشين به ايران آورده شدند و بعدها در دستگاه قاجار به مقامات مهمي رسيدند. بنابراين موسي معروفي در خانواده‌اي رشد يافت كه هم پيوندي عميق با سنت‌هاي ايراني داشت و هم پيشينه قومي گرجي- ارمني در آن ديده مي‌شد.
او دوران كودكي و نوجواني خود را مانند بسياري از همسالانش با تحصيل علوم متداول آن روزگار گذراند، اما فضاي خانوادگي و رفتوآمد هنرمندان به خانه پدر سبب شد خيلي زود با موسيقي انس بگيرد. در كنار تحصيلات سنتي، نواختن سه‌تار را نزد يوسف صورتگر كه از عكاسان دربار ناصري و نوازندگان شناخته شده بود، آغاز كرد. خانه و باغ پدري‌اش نيز محل گردهمايي بزرگان موسيقي بود؛ جايي كه آقا حسينقلي، نوازنده برجسته تار و سماع‌حضور سنتورنواز مشهور، ساز مي‌نواختند و موسي معروفي در نوجواني همواره در اين مجالس حاضر بود.
استعداد و علاقه او به قدري آشكار بود كه عمويش، اتابك اعظم، در سال ۱۲۹۷ خورشيدي او را نزد درويش‌خان، استاد بي‌بديل تار برد. موسي معروفي با پشتكار فراوان توانست در مدتي كوتاه بخش عمده رديف‌هاي موسيقي دستگاهي را بياموزد و چنان پيشرفتي كند كه درويش‌خان نشان ويژه خود، يعني تبرزين طلايي را به او اهدا كرد؛ نشاني كه تنها به برجسته‌ترين شاگردان داده مي‌شد.
موسي معروفي در سال‌هاي پاياني شاگردي درويش‌خان، براي تكميل آموخته‌هايش نزد حسين‌خان هنگ‌آفرين نيز رفت و در كنار آموزش عملي تار، با مباحث نظري موسيقي آشنا شد. اين دوران همزمان با فعاليت‌هاي آخرين سال‌هاي زندگي درويش‌خان بود كه تا سال ۱۳۰۵ ادامه داشت.
در سال ۱۳۰۲ خورشيدي، با تاسيس هنرستان موسيقي توسط علينقي وزيري، موسي معروفي در شمار نخستين شاگردان اين مركز قرار گرفت. در هنرستان، او با مباني نوين موسيقي، از جمله خط نت اروپايي، هارموني و روش‌هاي آموزشي جديد آشنا شد. هر چند بعدها در نوازندگي تار دوباره به شيوه سنتي بازگشت، اما تجربه آموزش علمي در هنرستان تاثيري تعيين‌كننده بر مسير فعاليت‌هاي او گذاشت.
نقش او در هنرستان تنها به يادگيري محدود نماند. موسي معروفي به سرعت به يكي از چهره‌هاي فعال در زمينه حفظ و مكتوب‌سازي رديف بدل شد و در كنار شاگردان برجسته ديگر وزيري مانند ابوالحسن صبا و روح‌الله خالقي در فرآيند نوسازي موسيقي ايراني مشاركت كرد. همين تجربه در هنرستان مسير او را از يك نوازنده صرف به حافظ و مدوِن رديف‌هاي موسيقي ايراني تغيير داد.
پس از آنكه علينقي وزيري در سال ۱۳۱۳ خورشيدي از رياست هنرستان موسيقي كنار گذاشته شد، اداره هنرستان به غلامحسين مين‌باشيان سپرده شد. مين‌باشيان كه تحصيلات خود را در اروپا گذرانده بود و گرايش شديد به موسيقي كلاسيك غربي داشت، تصميم گرفت موسيقي ملي ايران را از برنامه آموزشي هنرستان حذف كند. او دستور داد آموزش سازهاي ايراني متوقف شود و سازهايي مانند تار و سه‌تار به انبار منتقل شوند.
در اين ميان، موسي معروفي كه از مدرسين تار در هنرستان بود، از تدريس بازماند. با اين حال، به دليل خط خوش و دقتي كه در امور اداري داشت، از سوي مين‌باشيان به عنوان مسوول دفتر هنرستان منصوب شد. با تغيير شرايط سياسي و فرهنگي در كشور و بازگشت دوباره علينقي وزيري به صحنه مديريت هنرستان، جريان موسيقي ملي دوباره احيا شد. از اين زمان، سازهاي ايراني بار ديگر به برنامه آموزشي بازگشتند و هنرجويان توانستند آموزش تار و ديگر سازهاي ملي را از سر بگيرند.
در شهريور ۱۳۲۰، موسي معروفي تصميم گرفت بخشي از رديف را براي استفاده هنرجويان گردآوري و به خط نت درآورد. او مجموعه‌اي در آواز دشتي آماده كرد كه با همكاري دكتر لطف‌الله مفخم‌پايان به نت اروپايي نوشته شد. اين دفتر كه به نام آواز دشتي، دفتر اول شناخته شد، با هوشمندي در دشتي سي (سر كليد سي) تنظيم شد تا هم براي تار و هم براي ويولن مناسب باشد و هم هنرجويان هر دو ساز بتوانند به‌طور مشترك از آن بهره ببرند.
در اين دفتر گوشه‌هاي متنوعي همچون پيش‌درآمد، چهارمضراب، رنگ و گوشه‌هاي دشتي چون سارنگ (سارآهنگ)، عشاق، گيلكي، زار و نزار، كوچه‌باغي، چوپاني، دشتستاني و مثنوي گردآوري شد. اين دفتر به مدت شش سال در بايگاني وزارت فرهنگ باقي ماند و سرانجام با پيگيري‌هاي مفخم‌پايان در سال ۱۳۲۷ به چاپ رسيد. اهميت اين دفتر در آن بود كه براي نخستين‌بار يك آواز از رديف موسيقي ايراني به‌طور كامل و منسجم در قالب آموزشي ويژه سازهاي تار و ويولن منتشر مي‌شد. تجربه اين كار راه را براي تلاش بزرگ‌تر موسي معروفي، يعني گردآوري و تدوين رديف كامل موسيقي ايراني هموار كرد.
با آغاز رياست روح‌الله خالقي بر هنرستان موسيقي ملي در سال ۱۳۲۸، برنامه‌اي منظم براي تدوين كتاب‌هاي آموزشي سازهاي ايراني به جريان افتاد. گرچه پيش‌تر علينقي وزيري براي ويولن و تار آثاري آموزشي نوشته بود، اما خالقي با كمك موسي معروفي و ديگر همكارانش اين منابع را تكميل و به صورت رسمي در قالب كتاب‌هاي درسي هنرستان منتشر كرد. اين مجموعه‌ها به تدريج به استاندارد آموزش موسيقي ملي ايران تبديل شدند.
در اين روند، موسي معروفي نقشي كليدي ايفا كرد. او كه علاوه بر گردآوري رديف، آثاري ارزشمند در قالب‌هاي پيش‌درآمد، رنگ و تصنيف خلق كرده بود، بخشي از آثارش در كتاب‌هاي هنرستان گنجانده و به عنوان نمونه‌هاي آموزشي براي هنرجويان انتخاب شد.
از ميان مهم‌ترين آثار موسي معروفي مي‌توان به اين موارد اشاره كرد: پيش‌درآمد دشتي، تصنيف موسم گل، رنگ بيات ترك، تصنيف جور گردون در دشتي و...
اين مجموعه آثار گواه آن است كه معروفي نه تنها در مقام گردآورنده و مدوِن رديف، بلكه به عنوان آهنگساز نيز سهمي ماندگار در تاريخ موسيقي دستگاهي ايران داشته است.
موسي معروفي از همان سال‌هاي جواني، به‌طور جدي به گردآوري رديف موسيقي ايراني انديشيده و تا سال ۱۳۱۸ اين روند را در چند مرحله پيش برد: نخست بر پايه مطالبي كه از رديف درويش‌خان آموخته بود، سپس با افزودن نت‌نويسي‌هاي علينقي وزيري از رديف‌هاي ميرزا عبدالله و ميرزا حسينقلي و در گام سوم با تركيب اين مجموعه‌ها با رديف منتظم‌الحكما (مهدي‌قلي هدايت) كه سرانجام به شكل‌گيري رديف موسي معروفي انجاميد؛ رديفي كه در آن روايت‌هاي گوناگون از گوشه‌ها گرد هم آمده بودند. در دهه ۳۰، اداره هنرهاي زيبا براي رسيدن به نسخه‌اي واحد از رديف موسيقي ايران، جلساتي با حضور استاداني چون نورعلي برومند، ابوالحسن صبا، علي‌اكبر شهنازي، احمد عبادي، ركن‌الدين مختاري و موسي معروفي برگزار كرد كه حدود يك‌سال و نيم ادامه يافت، اما به دليل اختلاف‌نظر استادان به نتيجه نهايي نرسيد و در پايان هر كدام روايت خود را منتشر كردند. سرانجام سال ۱۳۴۲ خورشيدي و با حمايت وزارت فرهنگ و هنر، رديف معروفي كه حاصل بيش از دو دهه تلاش و گردآوري او بود، به چاپ رسيد.
نام موسي معروفي در تاريخ موسيقي ايران با تلاش خستگي‌ناپذير براي گردآوري و تدوين رديف‌ها شناخته مي‌شود. او با دقتي كم‌نظير، روايت‌هاي استادان پيشين را كنار هم نشاند و مجموعه‌اي پديد آورد كه هم ارزش آموزشي داشت و هم سندي از سنت‌هاي شنيداري موسيقي ايراني بود. آثار او نشان مي‌دهد كه چگونه مي‌توان ميراث شفاهي موسيقي را به شكلي ماندگار به نسل‌هاي آينده سپرد. امروز نام او يادآور هنرمندي است كه بي‌هيچ هياهو، آرام و پيگير، در خدمت نگهباني از موسيقي ايراني ايستاد و جايگاهي ماندگار براي خود در فرهنگ اين سرزمين به‌جا گذاشت.