فهرست بلند بالاي جرايم حميد بقايي بالاخره گذر او را به زندان انداخت. 22 اسفند 1396 معاون اجرايي دولت دهم از سوي ماموران بازداشت و جهت اجراي حكم 15 سال حبس به بازداشتگاه معرفي شد. با اين حال بازداشت حميد بقايي پايان ماجرا نبود. بازداشت و اجراي حكم دست راست محمود احمدي‌نژاد همچون باقي كنش‌هاي اين گروه پر سر و صدا بود.
حميد بقايي از همان زمان بازداشت تهديد كرد كه در صورت بازداشت و انتقال به زندان براي اعتراض به اين حكم 15 ساله دست به اعتصاب غذا خواهد زد و تنها در صورت مرخصي و برگزاري دادگاه علني اعتصاب غذاي خود را مي‌شكند.
مهران عبدالله‌پور، وكيل بقايي خبر اعتصاب غذاي موكل خود را تاييد كرد و گفت كه بقايي از آغاز ورودش به زندان دست به اعتصاب غذا زده است. البته به گفته وكيل بقايي از روز هشتم فروردين نيز اعتصاب خشك را شروع و نوشيدن آب را نيز متوقف كرده است. عبدالله‌پور همچنين مسووليت هرگونه اتفاق در جريان اين اعتصاب غذا را به عهده قوه قضاييه دانست.
محمود احمدي‌نژاد نسبت به اعتصاب غذاي بقايي واكنش نشان داد و در توييتر خود نوشت: «حميد مظلوم دو روز است كه آب هم نخورده و جان شيرين را سند پاكي و حقانيت خود قرار داده است». البته احمدي‌نژاد تنها به يك اظهارنظر توييتري اكتفا نكرد. او با همراهي هواداران به امامزاده صالح رفت و در اعتراض به بازداشت نزديك‌ترين ياران خود يعني حميد بقايي و اسفنديار رحيم‌مشايي (4 روز بعد از بقايي، بازداشت شد) تجمعي صورت داد.
صبح روز يازدهم فروردين كانال تلگرامي دولت بهار، تريبون رسانه‌اي احمدي‌نژادي‌ها خبر داد كه حميد بقايي نيمه شب گذشته از زندان اوين به بيمارستان بقيه‌الله منتقل شده است. اين خبر بار ديگر واكنش محمود احمدي‌نژاد را به همراه داشت و او در همين كانال تلگرامي ضمن تاييد انتقال بقايي به بيمارستان، اعتصاب غذاي او را «18 روز ايستادگي تاريخي... » توصيف كرد.
پس از مدت زمان كوتاهي البته اين كانال تلگرامي مدعي شد به دستور دادستان تهران، حميد بقايي به زندان بازگردانده شده است. در حالي كه پايگاه‌هاي خبري نزديك به احمدي‌نژاد از وخيم‌تر شدن حال حميد بقايي پس از انتقال به زندان خبر مي‌دادند، خبرگزاري فارس در گفت‌وگو با يك منبع آگاه خبري متفاوت منتشر كرد و نوشت بقايي به اعتصاب غذاي خود پايان داده. اين منبع آگاه گفته‌بود: «بقايي غذاي مفصلي خورده و ادامه اعتصاب غذاي وي كذب محض بوده و حتي در زندان با زندانيان بگو و بخند داشته است.»
همچنين اصغر جهانگير، رييس سازمان زندان‌ها در گفت‌وگو با تسنيم در پاسخ به سوالي در خصوص اعتصاب غذاي حميد بقايي، معاون اجرايي رياست‌جمهوري در دولت دهم توضيح داده بود كه تمهيدات لازم براي بقايي فراهم شده و آنجايي كه نياز به حضور پزشك باشد، مانند ساير زندانيان به‌صورت روزانه از پزشك مقيم و حتي پزشكان متخصص استفاده مي‌شود. البته جهانگير در بخش ديگري از اين گفت‌وگو تاكيد داشت «حتي اگر فردي از نظر روحي و رواني دچار مشكل باشد و آب و غذا نخورد، ما به عنوان مجموعه زندان تلاش مي‌كنيم فرد را از نظر روحي و رواني بازسازي و ارشاد و شرايط مناسبي را براي وي فراهم كنيم.»
سوي ديگر ماجرا اما ادعايي ديگر داشت؛ ادعايي كه با توضيحات منابع قضايي مطلع همخواني نداشت. همسر حميد بقايي همان زمان اعلام كرد كه بقايي بر تداوم اعتصاب غذاي كامل اصرار دارد و تنها به شرط اعاده دادرسي در دادگاه علني و ترخيص از زندان از اعتصاب غذا منصرف مي‌شود. همسر او همچنين در واكنش به دادستان تهران كه ذيل درخواست او نوشته كه بقايي بايد در زندان بماند و خودكشي در اسلام حرام است گفته‌بود كه او تحت هيچ شرايطي خودكشي نخواهد كرد با اين حال وصيت كرده پيكرش در كنار شهداي سي تير در ابن‌بابويه به خاك سپرده شود.
علاوه بر اظهارات همسر بقايي، كانال تلگرامي دولت بهار نيز مدعي شد حميد بقايي طي تماس تلفني تاكيد داشته اظهاراتي كه در مورد شرايط روحي و رواني‌اش گفته شده كذب محض است و به اعتصاب غذاي خود ادامه خواهد داد.
در همين اثنا البته متن نامه محمود احمدي‌نژاد به رهبر معظم انقلاب در مورد شرايط حاكم بر قوه قضاييه نيز منتشر شد، نامه‌اي كه واپسين روزهاي بهمن خبر نگارشش از سوي رسانه‌هاي همسو با اين طيف منتشر شده بود.
در چنين شرايطي تنها كسي كه نسبت به اعتصاب غذاي حميد بقايي واكنشي متفاوت نشان داد، عزت‌الله ضرغامي بود. عزت‌الله ضرغامي از اعضاي جبهه مردمي نيروهاي انقلاب اسلامي در اين راستا احمدي‌نژاد را به صبر فراخوانده و در كانال تلگرامي خود نوشته است: «از جناب آقاي دكتر احمدي‌نژاد، درخواست مي‌كنم تا از جناب آقاي حميد بقايي بخواهد به اعتصاب غذاي خود پايان دهد. او به جز ايشان از كس ديگري تمكين نمي‌كند. اين اقدام در آستانه ۱۳ رجب براي فرزندان و خانواده محترم ايشان ضروري است و موجب خوشحالي همه خواهد شد. صبر و گذر زمان، موثرترين كليد براي بازشدن قفل‌هاست.»