عبدخدايي در مورد اتهام جاسوسي بازداشت پيش از انقلاب توضيح داد
۵ ضربه شلاق بخورم، همه را لو مي‌دهم
فداييان اسلام از معدود گروه‌هاي اسلام‌گرايي بود كه خيلي زود دست به اسلحه شد و چاره را در مبارزه مسلحانه مي‌دانست. سال‌ها بعد از پيروزي انقلاب هم كه يكي از تاكيد‌هاي انقلابيون اسلام‌گرا، مبارزه بدون اسلحه بود، اين فداييان اسلام بودند كه همواره از ترور و اسلحه در جريان مبارزات انقلابي حمايت كردند. اخيرا دبيركل فعلي اين گروه كه ترور رزم‌آرا را در كارنامه مبارزاتي‌اش دارد، به جاسوسي براي ام‌آي‌سيكس سرويس اطلاعاتي بريتانيا متهم شده است. محمدمهدي عبدخدايي، دبيركل فداييان اسلام اما در گفت‌وگويي با خبرگزاري برنا به اين ابهام پاسخ داده و مدعيات مطرح شده را رد كرده است. اسناد محرمانه‌اي كه اخيرا توسط بريتانيا منتشر شده، محمدمهدي عبدخدايي، دبيركل فداييان اسلام و اصولگراي فعلي را عامل ام‌آي‌سيكس انگليس معرفي كرده است. عبدخدايي هم در پاسخ به اين ادعا كم سن و سالي‌اش را دليلي بر جاسوس نبودن مطرح كرده و گفته: «بنده متولد ۱۳۱۵ هستم و اولين‌بار در ۲۶ بهمن‌ماه ۱۳۳۰ به زندان رفتم؛ ميتوانيد باور كنيد جوان ۱۵ساله عضو بزرگ‌ترين سازمان جاسوس انگليس آن زمان باشد؟!» علاوه بر اين يكي از ابهاماتي كه در مورد عبدخدايي همواره وجود داشته، اين بوده كه چرا او از معدود بازماندگان است و همچون باقي اعضاي فداييان اسلام در رژيم پهلوي كشته نشده است. او اما روايت مي‌كند كه در جريان تصميم فداييان اسلام براي جلوگيري از امضاي پيمان نظامي بغداد، فداييان اسلام تصميم به ترور حسن علا، نخست‌وزير وقت مي‌گيرند كه موفقيت‌آميز نبود اما در نهايت منجر به فراري شدن اعضا از جمله عبدخدايي مي‌شود. عبدخدايي 8 ماه در تبريز زندگي مخفيانه داشته تا اينكه پس از بازگشت به تهران دستگير و با گروه دوم فداييان اسلام محاكمه مي‌شود. بنا به اعتراف خود در دادگاه نخست به دليل نسبت فاميلي مادرش با رييس دادگاه (مادر عبدخدايي دختر عمه رييس دادگاه بود)، حكم 4 ساله زندان به او مي‌دهند كه اين حكم با درخواست اعدام از سوي رييس دادگاه تجديد‌نظر در نهايت منجر به زنداني شدن او در فاصله سال‌هاي ۱۳۳۵ تا ۱۳۴۳ مي‌شود.
عبدخدايي نقل كرده كه پس از آزادي و آشنايي با امام خميني به مهدي عراقي، از هم‌رزمانش در فداييان اسلام مي‌گويد كه «من اگر ۵ تا شلاق بخورم، همگي را لو مي‌دهم؛ ديگر طاقت ندارم و مي‌خواهم تشكيل خانواده بدهم.» در ادامه تعدادي از اعضاي فداييان اسلام از جمله هاشم و صادق اماني و مهدي عراقي، حسنعلي منصور را در ميدان بهارستان كشتند و به اتهام قتل منصور محاكمه و 4 نفر از آنها هم تيرباران مي‌شوند اما عبدخدايي دستگير نمي‌شود. او معتقد است علت زنده ماندنش اين بوده كه در جريان قتل منصور شركت نكرده است.