مطهري دخالت نهادهاي مختلف را از علل ناكارآمدي دولت‌ها مي‌داند
وقت اقتدار رييس‌جمهور
علي مطهري معتقد است كه نمي‌شود حكم كلي صادر كرد و گفت همه دولت‌هاي پس از انقلاب ناكارآمد بودند. او تصميم‌گيري درباره كارآمدي و عملكرد دولت‌ها را منوط به «شرايطي كه به دولت‌ها تحميل شده» مي‌داند و تاكيد دارد كه فرمان اداره همه امور دست دولت‌ها نبوده و نيست. به گفته اين چهره سياسي، از ابتداي انقلاب كارهايي انجام شده كه دولت‌ها اختياري در آنها نداشتند و حتي گاهي باوجود آنكه مخالف بودند، اما ناچار بايد تبعات آن را تحمل مي‌كردند. مطهري نمونه‌اي از اين موضوع را «تسخير سفارت امريكا» عنوان كرده كه به دولت وقت ارتباط نداشته اما پس از آن، امريكا به دولت مستقر فشار آورده و تحريم‌هايي را اعمال كرده كه طبيعتا دولت بايد تحمل‌شان مي‌كرد. فرزند شهيد مطهري با اذعان به اينكه «ناكارآمدي نسبي» در دولت‌ها وجود داشته، يكي از عوامل بروز اين نقيصه را «دخالت سازمان‌ها و نهادهاي مختلف در كار يكديگر» و در عين حال «دخالت آنها در كار دولت» عنوان كرده است؛ «مثلا دولت بايد در زمينه اقتصاد، سياست خارجي و فرهنگ كارآمد باشد، ولي در هر سه مورد، نهادهايي هستند كه دائم در كار دولت دخالت مي‌كنند و فقط دولت نيست كه به عنوان مجري عمل مي‌كند، بلكه نهادهاي موازي نيز (فعال) هستند كه اختلال ايجاد مي‌كنند و شايد علت اصلي ناكارآمدي همين است كه رييس‌جمهوري به آنها اجازه دخالت مي‌دهد و خود به خود از قدرت و كارآمدي خود كاسته مي‌شود.» نايب‌رييس پيشين مجلس شوراي اسلامي با اشاره به مثال‌هايي از دخالت نهادهاي ديگر در پيشبرد اموري كه اساسا بايد زيرنظر دولت مديريت شود، اين موارد را تداعي‌كننده «حاكميت دوگانه» مي‌داند كه به‌زعم او، منجر به از بين رفتن اقتدار دولت شده و قابل‌قبول نيست؛ «فرض كنيد مي‌خواهند موشك آزمايش كنند يا پرتاب كنند، اين كار آثار سياسي دارد. به‌خصوص وقتي كه (اين كار) چند روز پس از توافق برجام انجام مي‌شود. بايد به اطلاع رييس‌جمهوري برسانند و اين رييس‌جمهوري است كه بايد تصميم بگيرد و بگويد كه اين كار انجام شود يا نه! نمي‌توانند بگويند ما از جاي ديگري دستور مي‌گيريم. در كارهاي مرتبط با سياست خارجي بايد اين هماهنگي با دولت وجود داشته باشد. در ميدان جنگ، نيروهاي نظامي از فرمانده كل قوا دستور مي‌گيرند اما در بقيه موارد كه با اقتصاد و سياست خارجي ارتباط دارد، بايد از دولت دستور بگيرند.» مطهري اما اين مشكلات را نه ناشي از ايراد ساختاري كه برخاسته از «عقب‌نشيني رييس‌جمهوري» مي‌داند و درعين حال تاكيد دارد كه حتي همين حالا هم رييس‌جمهوري مي‌تواند جلوي اين رويه را بگيرد. به گفته مطهري، در هر نظام سياسي، اگر نيروي نظامي را رها كنند، همين كارها را مي‌كنند ولي اجازه نمي‌دهند نيروي نظامي وارد اين امور شود. علي مطهري كه اختيارات اندك روساي جمهوري را قبول ندارد و طرح اين مساله را «بهانه» مي‌داند با اشاره به اصل ۱۱۳ قانون اساسي كه رييس‌جمهوري را مسوول اجراي قانون اساسي خوانده، بر ناصحيح بودن تفسير شوراي نگهبان از اين اصل تاكيد كرده و معتقد است كه «اساسا بهتر بود تفسير قانون اساسي را به عهده نهاد بالاتري مثلا دادگاه قانون اساسي مي‌گذاشتند.» نايب‌رييس پيشين مجلس در ادامه گفته است: «از ابتداي انقلاب، ولايت فقيه به عنوان يك اصل در نظام سياسي ما شناخته شده؛ كسي كه ناظر است و مراقبت مي‌كند كه جامعه از مسير اسلام خارج نشود. خود رهبري هم گفته‌اند كه من در امور اجرايي دخالت نمي‌كنم. كنار آن، دولت حاكم است و نهادهاي ديگر نبايد در كار دولت دخالت كنند. در حال حاضر در مواردي همچون انتخاب وزرا و برخي تصميمات كلان مانند خريد هواپيما، برخي نهادها دخالت مي‌كنند. اين دخالت‌ها بايد از بين برود.» فرزند شهيد مطهري راه‌حل رفع اين مشكل را در دستيابي به فهم مشترك از اصول قانون اساسي، جلوگيري از دخالت نهاد در كار رييس‌جمهوري و دولت و البته ابراز اقتدار رييس‌جمهوري مي‌داند، به صندوق راي به عنوان راه‌حل اساسي عبور از مشكلات اشاره كرده و از انتخاباتي با مشاركت حداكثري مي‌گويد. او معتقد است مردم نبايد از حق‌شان براي شركت در انتخابات بگذرند؛ چراكه هر ميزان مشاركت بالاتر باشد، انتخاب واقعي‌تر خواهد بود و به مسير اصلاح امور نزديك‌تر مي‌شويم. او از ويژگي‌هاي رييس‌جمهوري مطلوب نيز سخن گفته و تاكيد دارد كه بايد كسي را انتخاب كنيم كه سياست جهاني را بشناسد، اقتصاد دنيا را درك كند و ديد محدود نداشته باشد. به گفته مطهري نمي‌شود گفت كه ما كاري به رابطه با دنيا نداريم و ضرورتي ندارد با دنيا ارتباطي داشته باشيم. درنتيجه بايد افرادي واقع‌بين كه تاثير روابط خارجي را بر اقتصاد درك مي‌كنند و تجربه كافي براي اداره كشور دارند، انتخاب شوند. او ضمن پذيرش محدوديت‌هاي احتمالي پيش‌روي فعاليت احزاب، تاكيد دارد كه بايد از همه مقدورات به‌نحو احسن استفاده كرد و گفته احزاب نبايد كنار بكشند و از تحريم بگويند، چراكه به عقيده او، هر وقت پاي تحريم انتخابات در ميان بوده، ما ضرر كرده‌ايم؛ بنابراين بايد از آنچه امكان استفاده دارد، بهره ببريم. اين نماينده ادوار مجلس به شوراي نگهبان هم توصيه كرد كه «اين‌قدر نگران نباشد كه كسي كه مي‌خواهد كانديداي رياست‌جمهوري شود، كاملا مطابق ميل آنها باشد يا فردي باشد كه حتما مطيع كامل باشد و هيچ‌جا از خودش نظري نداشته باشد»؛ چراكه «اين‌طور افراد به درد رياست‌جمهوري نمي‌خورند.» او معتقد است كه همين كه (فردي) صلاحيت‌هاي عمومي، تجربه كافي و سابقه لازم را دارا باشد و فساد مهم مالي يا اخلاقي نداشته باشند، بايد را تاييد شده و انتخاب به عهده مردم واگذار شود. علي مطهري مشاركت بالا را از حيث مباحث و مناسبات جهاني نيز مهم و نشانه استحكام حكومت مي‌داند و تاكيد دارد كه «نگران نباشند كه كسي مي‌خواهد بيايد كه دنبال اصلاح امور است»، چراكه «ما رهبري و مجلس شوراي اسلامي را داريم و امكان استيضاح رييس‌جمهوري وجود دارد» و برهمين اساس بايد «اجازه دهند شخصي كه مورد نظر مردم است، انتخاب شود.»